双歧杆菌增殖因子
        低聚异麦芽糖由于其分子结构中特有的(1,6)键，而使人体消化道中的酶无法将其消化分解，不能被人体吸收利用。因此低聚异麦芽糖可以到达大肠，被生长在那里的某些细菌所利用。
        肠道细菌按照其与人体的关系可分为有益菌、有害菌和兼性菌。有益菌包括双歧杆菌(Bifidobacteria)、乳酸杆菌(Lactobacillus)等；有害菌主要是梭状芽孢杆菌(Clostridium)；兼性菌包括链球菌(Streptococcus)、大肠杆菌(Escherichia coli)等，它们在健康正常人体内与人体相安无事，但在人体发生疾病、营养不良或因服用抗生素破坏了肠道菌群的平衡时，兼性菌将会转化为致病菌。
        其中双歧杆菌最能利用低聚异麦芽糖，而兼性菌和有害菌由于缺少必要的酶系，利用低聚异麦芽糖的能力弱或不能利用。
        双歧杆菌的增殖会带来几个方面的好处：一是通过菌群优势和产生抗菌类物质抑制有害菌的生长；二是发酵低聚糖产生乳酸、醋酸等短链脂肪酸使肠道pH值降低，即抑制了有害菌的生长，又可刺激肠道蠕动，缩短粪便在肠道内的停留时间，大大减少了其中的有害成份被肠道吸收的机会，并防止便秘发生，改善大肠对钙、镁等矿物元素的吸收；三是在抑制有害菌的同时也就减少了其有毒代谢物的产生，如氨、吲哚、对位甲酚等。
        另外，低聚异麦芽糖通过选择性地增殖双歧杆菌引发了一系列连锁反应，最终使人肠道中的微生态环境得以改善，增加营养物质的吸收，减少有毒产物的毒害，并防止便秘和下痢的发生。一般低聚异麦芽糖摄取量在每人每天10克(按有效成份计)就能起到显著增殖双歧杆菌的作用。
调理肠道，防止便秘
        由于低聚异麦芽糖导致双歧杆菌的量增加，双歧杆菌通过糖代谢相应增加了丙酸、丁酸的分泌量，这些有机酸促进了肠道蠕动，使肠道运动亢进。同时通过渗透压增加粪便水分，从而使排便性状得到改善。长期使用低聚异麦芽糖，能防止和治疗便秘。
血清脂质的改善作用
         双歧杆菌可使胆固醇转化为人体不吸收的类固醇，以降低胆固醇含量。大量的人体试验已经证实，摄入低聚异麦芽糖后可降低血清胆固醇水平。每天摄入15～25g低聚异麦芽糖并持续2周至3个月，总血清胆固醇降低20～50mg/dl。包括双歧杆菌在内的乳酸菌及其发酵乳制品菌均能降低总血清胆固醇水平，提高女性血清中高密度脂蛋白胆固醇总胆固醇的比率。
抑制内毒素，保护肝脏功能
        肝脏功能异常时，同样影响肠菌群的结构和功能，而肠菌群失调又反过来影响肝脏功能，两者互为因果，引起机体一系列病理改变。如中国学者给56岁有多年肝硬化且常出现腹泻的患者服用27g/d低聚异麦芽糖后，肝硬化症状缓解，腹胀也好转。
        双歧杆菌发酵低聚糖，产生短链脂肪酸（主要是醋酸和乳酸，摩尔比为3：2）和一些抗生素物质，从而可抑制外源致病菌和肠内固有腐败菌的生长繁殖。醋酸和乳酸均能抑制肠道内腐败细菌的生长，减少这些细菌产生的毒胺、靛基质、吲哚、氨、硫化氢等致癌物及其他毒性物质对机体的损害，延缓机体衰老进程。双歧杆菌素是由两歧杆菌产生的一种抗生素物质，它能非常有效地抑制志贺杆菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和其他一些微生物。由婴儿双歧杆菌产生的一种高分子量物质也能有效地抑制志贺杆菌、沙门菌和大肠杆菌等。
        双歧杆菌可抑制肠道中腐败菌的繁殖，从而减少肠道中内毒素及尿酶素的含量，使血液中内毒素和氨含量下降。把双歧杆菌引入肝病患者，发现血氨、游离血清酚及游离的氨基氮明显减少。
        摄入低聚糖或双歧杆菌可减少有毒代谢产物的形成，这大大减轻了肝脏分解毒素的负担。
营养素吸收促进作用和产生营养素
       双歧杆菌能产生维生素B1、B2、B6、B12、叶酸、烟酸、，含双歧杆菌的发酵乳制品改善了乳糖不耐症、钙的吸收和消化。双歧杆菌对矿物质元素有促进吸收的作用。目前人们对钙的摄取量不足，故骨质疏松症患者较多，镁的摄入也有类似问题。女性育龄期后雌激素水平的下降，使体内的钙平衡受到干扰，导致骨质疏松，而刺激素水平下降又与肠内菌群失调有关。
抗龋齿
        龋齿的发生是由于口腔中的突变链球菌(Streptococcus mutants)可利用砂糖等产生不溶性葡聚糖，并覆盖在牙齿表面形成齿垢，在齿垢中，细菌使糖发酵产酸，腐蚀牙齿，形成龋齿。实验表明，突变链球菌无法利用异麦芽低聚糖产生不溶性葡聚糖，同时也不能利用异麦芽糖、异麦芽三糖和潘糖等成份产酸，因此抑制了齿垢的形成和龋齿的发生。

消化吸收特性
        低聚异麦芽糖很难通过人体的消化酶来分解吸收，经过与单独口服葡萄糖的人对照实验后证明，空腹口服低聚异麦芽糖的人群，血糖与胰岛素均未上升，这说明低聚异麦芽糖在胃中不被吸收、利用，全部进入人体肠道，因此，长期服用它，既不增加血糖，也不改变血中胰岛素水平，可为糖尿病患者放心使用。
安全性
         低聚异麦芽糖和活菌制剂的最大区别是它没有任何毒副作用。经实验证明：低聚异麦芽糖的最大无作用量为2g/Kg体重以上，对老鼠经口投与急性毒性的LD50（半致死剂量）为44g/Kg体重以上，与低毒性的蔗糖（LD50为29.8g/Kg体重）和麦芽糖（LD5026.7g/Kg体重）相比较，它是极其安全的。