低聚果糖具有如上所述的对人体有益的功能性质。作为保健食品或食品配料，对人体的安全性是它能被接受并广泛使用的一个关键因素。
        一、低聚果糖毒性研究
        1982年，日本明治制糖公司中央研究所对低聚果糖的安全性进行了急性毒理试验、亚急性毒理试验、下痢试验等，结果表明了低聚果糖作为食品及食品配料的安全性。此外，还有很多的体内、体外试验，都用以评测低聚果糖对动物和人体的潜在毒性，结果表明，低聚果糖并没有任何副作用，惟一已知的影响就是进食大量低聚果糖（在小鼠的食物中超过5％）会发生粪便变稀或腹泻现象。
        二、低聚果糖的副作用
        一般认为摄入量不应超过10克。摄入量过大，会引起肠道失调：摄入量超过30克／天，有可能引起胃肠道胀气；超过40克／天会导致肠道肿大；超过50克／天会出现痉挛和腹泻的症状。对于一些FOS敏感的人群，比上述摄入量低时就会出现相应的胃肠道症状。据报道，乳糖不耐的人群在25克／天，就会出现胃肠道症状，所以乳糖不耐的人群要小心剂量，FOS摄入量最好不要超过10克／天。
        三、低聚果糖建议食用量
        低聚果糖食用过量时，因在大肠中造成局部高渗压吸水而会引起腹泻，不引起腹泻的最大剂量重称最大无作用量。在此量下时不会引起腹泻的。低聚果糖的最大无作用量为每千克体重0.3－0.4克，以60千克体重的人来说，每天摄食18－24克以下，不至于引起腹泻。低聚果糖可用营养补充剂或作为功能食品，一般食用量为3－8克／日。